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Christelle Aluome, Ingénieure en bases de données de la chaire d’écologie intégrative du LabEx COTE

Christelle Aluome, Ingénieure en bases de données de la chaire d’écologie intégrative du LabEx COTE

Ingénieure d’étude en bio-informatique, Christelle Aluome a rejoint le projet LabEx COTE en novembre 2013 dans le cadre de la création de la chaire d’écologie intégrative.  Son rôle ? La mise en place d’une plate-forme regroupant toutes les métadonnées [1] liées aux données récoltées par les unités partenaires du LabEx. Une mission rendue essentielle par l’arrivée des chercheurs de la chaire le 1er octobre 2015.

C’est au cours de sa licence en biologie que Christelle commence à s’intéresser à l’informatique.  Cet attrait grandit et l’amène à intégrer le master Bio-informatique de l’université de Bordeaux 1. Après un stage au Cirad (Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement), elle est embauchée pour une mission de quatorze mois à l’Inra d’Orléans pour travailler sur la base de données TreePop, qui gère des données « passeports », phénotypiques et génotypiques sur des collections d’arbres forestiers dans le cadre du projet européen Evoltree. Déjà existante à l’époque, cette base de données ne pouvait néanmoins pas englober toutes les données, l’ingénieure en modifie donc la structure et améliore le site web qui permet d’accéder aux données. « TreePop est actuellement en cours d’intégration sur le  portail de l’UMR BioGeCo à Pierroton » précise Christelle.

Elle s’écarte ensuite de la gestion des bases de données pour s’impliquer dans l’analyse de données en génomique. Pendant trois ans, à l’Inra d’Evry, elle travaille sur des données de séquençage à haut débit de génome de plantes. Son rôle est triple : l’analyse des données en sortie de séquenceur, le développement d’un nouveau protocole d’assemblage de novo pour des portions ciblées de génome en prenant en compte des capacités informatiques réduites, et la réalisation de puces de génotypage. A terme, ce travail aboutit à la création de cartes génétiques ou à la sélection d’espèces/d’individus en fonction des caractères voulus.

Depuis fin 2013, la voilà revenue à Bordeaux et aux bases de données pour une mission dont l’enjeu est de taille : organiser et mettre à disposition les métadonnées des unités partenaires du LabEx.

L’objectif final est que chaque chercheur puisse avoir connaissance de tous les jeux de données qui sont disponibles dans les sites ateliers afin de faciliter les recherches interdisciplinaires. Dosages de métaux lourds dans des échantillons d’eau, relevés météorologiques, pédologiques, mesures de pH etc. La pluridisciplinarité du LabEx entraîne l’accumulation de données de nature très variée. « Les laboratoires n’utilisent pas tous des bases de données, tout l’enjeu est donc de savoir exactement quels jeux de données existent et ce qu’ils contiennent, et de bien les caractériser en renseignant une fiche standard » explique Christelle.

Elle cherche donc à centraliser ces métadonnées au sein d’un géocatalogue et à les renseigner selon la norme préconisée par la directive INSPIRE [2]. Les chercheurs pourront alors effectuer de manière simple des recherches : par thème, par emprise géographique, ou via emprise temporelle. Ils auront accès à des informations décrivant précisément les jeux de données et à un ou plusieurs contacts pour avoir plus de renseignements et à terme pouvoir utiliser les données. Si c’est pertinent et avec l’accord des chercheurs, des informations supplémentaires pourront être téléchargeables (protocole, thèse, rapport) ou visualisables par le biais d’un SIG.

Christelle réalise un travail de recensement énorme. Au programme, beaucoup de rencontres avec les chercheurs du LabEx pour expliquer la démarche, savoir quelles données sont disponibles et remplir les fiches d’information. « Durant ma carrière, j’ai eu à relever beaucoup de défis différents, d’abord de la programmation pure, puis un poste très accès bio-informatique, ma formation initiale, et maintenant un poste à l’interface entre animation de réseau et informatique, cela me plaît » explique Christelle avec enthousiasme. Elle travaillera en lien étroit avec Coralie Picoche [3], autre ingénieure nouvellement recrutée sur le projet et les deux chercheurs de la chaire d’écologie intégrative du LabEx COTE [4]. Elle a déjà commencé à interagir avec eux sur les données qu’ils souhaiteraient obtenir en priorité pour lancer les travaux de la chaire.

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[1] Description précise de la donnée et du contact du service qui les héberge

[2] Description de la directive INSPIRE http://inspire.ec.europa.eu/

[3] Coralie Picoche, ingénieur en calcul scientifique portrait disponible sur le lien suivant : http://cote.labex.u-bordeaux.fr/Portraits/Coralie-Picoche-Ingenieure-en-calcul-scientifique-de-la-chaire-d-ecologie-integrative-du-LabEx-COTE,i3427.html

[4] Laure Carassou, chercheure en écologie intégrative et Frédéric Barraquand, chercheur en écologie évolutive de la chaire d’écologie intégrative du LabEx COTE, portraits disponibles sur le lien suivant : http://cote.labex.u-bordeaux.fr/Portraits/r159.html

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