Conférence sur l'histoire évolutive de la vigne par Thierry Lacombe (UMR AGAP) - INRA Villenave

Contribution à l’étude de l’histoire évolutive de la vigne cultivée (Vitis viniferaL.)par l’analyse de la diversité génétique neutre et de gènes d’intérêt

Résumé : Vitis viniferaL. est l’une des premières espèces fruitières à avoir été domestiquées. Sous l’effet de la sélection humaine, cette espèce a suivi une évolution agro-morphologiqueconduisant à une importante diversité répartie en deux morphotypes principaux selon l’usage des raisins (cuve vs table). L’objectif de cette thèse a été de mieux comprendre la structuration et l’origine de la diversité génétique de la vigne domestique au travers de l’étude de marqueurs moléculaires neutres (nucléaires et chloroplastiques) et de gènes codant pour des caractères d’intérêt agronomique (couleur des baies et architecture des grappes). Une meilleure connaissance des ressources génétiques de la vigne est en effet nécessaire pour leur gestion optimisée et leur utilisation appropriée dans de nouveaux programmes d’amélioration. Une étude de parenté basée sur l’analyse de 20 microsatellites nucléaires a d’abord été menée sur 2344 cultivars de la collection INRA du Domaine de Vassal. Elle a permis de préciser l’ascendance directe de plus de 800 cultivars et de révéler les géniteurs clés. A l’aide de ces mêmes marqueurs, une étude de la structuration génétique du compartiment cultivé a ensuite mis en évidence quatre grands groupes de diversité reliés à l’usage des fruits, la géographie et l’histoire de la viticulture. Ces premiers résultats ont été utilisés pour constituer un échantillon de travail de 595 génotypes comprenant i) des cultivars (subsp. vinifera,syn. sativa) représentatifs de la diversité neutre et de catégories historiques préalablement définies et ii) des représentants du compartiment sauvage (subsp. sylvestris). Les résultats de l’étude de la diversité de l’ADN chloroplastique sont compatibles avec l’existence d’un centre primaire de domestication oriental et de centres secondaires répartis sur le pourtour méditerranéen. Le polymorphisme de séquence (SNP et INDEL) a ensuite été exploré pour trois gènes associés à des caractères d’intérêt agronomique. L’analyse de la diversité des gènes VvMybA1 et VvMybA3, associés à la couleur des baies, a permis de préciser l’histoire de ce trait et sa diversification sous l’effet de la sélection artificielle. L’analyse du polymorphisme du gène VvTFL1A, associé à l’architecture des grappes, a montré une structuration différente principalement en relation avec l’usage des fruits. L’ensemble des résultats a permis de mettre en évidence certaines variétés ou groupes de variétés occupant une position originale dans l’histoire de la vigne cultivée depuis sa domestication.

Mots-clés : Vitis vinifera; histoire évolutive ; diversité génétique neutre ; caractère d’intérêt agronomique ; polymorphisme de séquence

INRA, UMR AGAP, Equipe Diversité et Adaptation de la Vigne et des Espèces Méditerranéennes

2, place Pierre Viala, F-34060 Montpellier cedex 1.