Université de Bordeaux
LabEx COTECluster of Excellence
Cluster of excellence

MALABAR (BioGeCo / Ifremer / EPOC)

Les protistes, organismes eucaryotes unicellulaires, constituent un groupe clé pour les études écologiques. Une partie (les microalgues, qui possèdent des chloroplastes) permet via la photosynthèse de transformer l’énergie solaire en énergie chimique (sucre) et est à la base des chaînes alimentaires. Ils contribuent aux principaux cycles biogéochimiques des organismes marins. Leur biomasse est contrôlée en permanence par le pâturage du zooplancton et par les échanges entre les organismes aquatiques de surface (couche photique du pelagos), dans la colonne d’eau (le pelagos) ou proches du sédiment ou dans le sédiment (le benthos). Or, la diversité de ce groupe est assez mal connue pour les organismes de très petite taille dans les régions littorales en général et dans le Bassin d’Arcachon en particulier. Dans un contexte de changements rapides dus à diverses pressions humaines sur le bassin d’Arcachon (bateaux, pesticides, changements de température, etc.), il est primordial de documenter la biodiversité existante de ces micro-organismes (ici le pico et le nanoplancton).

Une première étape de MALABAR (Metabarcoding Appliqué à LA Biodiversité des communautés micro algales du bassin d’Arcachon) consiste à dresser un inventaire aussi exhaustif que possible de ces organismes, par des approches à base moléculaire  (classification de marqueurs ADN d’intérêt taxonomique, ici 18S-v4 et rbcL), en complément des inventaires optiques pour les micro-organismes (diatomées par exemple). Ces inventaires sont construits par la technique dite du métabarcoding. Ils sont essentiels pour établir des bases de référence permettant d’évaluer la manière dont les communautés évoluent en réponse aux pressions humaines croissantes. Les méthodes ainsi proposées et les inventaires moléculaires qui en résultent seront appliqués pour réexaminer deux questions écologiques : 

  • Explorer les variations des patterns de diversité des protistes induits par deux facteurs : la marée et la saison. Cela vise à compléter les connaissances existantes sur ces dynamiques recueillies par diverses études basées sur l’identification visuelle de micro-algues pélagiques (réseau REPHY, etc.).
  • Initier une description des couplages entre le pélagos et le benthos, sa saisonnalité et ses déplacements avec les marées, qui peuvent s’avérer être un élément clé du fonctionnement du réseau trophique pélagiques.

> Porteur du projet : Alain Franc (BioGeCo)

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2017


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